目前，對于棉籽預處理工藝，有二種方案：
第一種是傳統的工藝，采用清理、剝殼、殼仁分離、蒸炒、預榨等工序加工，壓榨后的餅進浸出車間進行浸出。簡易工藝流程如下：

油渣分離→澄油→過濾→清毛油→至精煉
                                         ↑油                     ↑油
脫絨棉籽→清理→剝殼→殼仁分離→軋胚→蒸炒→預榨→機榨餅→至浸出車間→
↓殼 ↑仁        
    殼→二次殼仁分離→殼打包

第二種工藝是最近幾年新興起來，采用直接浸出法制油，主要加工方法是：將光籽經過清理剝殼、殼仁分離后得到棉籽仁，由于棉仁含油量不是很高，一般在20%左右，因此將棉仁采用膨化機進行膨化，然后用烘干機烘干，達到浸出所需的水份，最后送至浸出車間浸出取油。這種工藝的特點是由于棉籽仁沒有經過高溫蒸炒和壓榨，因此出來的粕中蛋白質含量較高。粕的顏色也較好，毛油的顏色也較淺